В конце августа[3] группа сталкеров во главе со Стрелком проникает к блокам ЧАЭС. Реакцией на вторжение явился сверхвыброс, послуживший «спусковым крючком» для начала войны группировок. Он изменил облик Зоны: обширные аномальные поля закрыли доступ на некоторые территории, заперев находящихся там людей, другие, ранее неизвестные, наоборот, открылись. Одним из таких мест стал покинутый город Лиманск, за который сразу начали бороться «Долг» и «Свобода». Примерно в это же время бандиты-ренегаты захватывают мост, ведущий в Лиманск, блокируя единственный путь. Город на время становится недоступен. Группировка «Долг» на своей базе в НИИ «Агропром» подверглась атаке мутантов из подземелий и перестала уделять внимание усилению бандитов. В Тёмной долине группировка «Свобода» также стала объектом нападений, на её членов охотились наёмники.

Воспользовавшись проблемами «Долга», бандиты, поставив своей целью осуществить полный контроль над потоком артефактов к периметру, прочно обосновались на Свалке — своеобразном перекрестке дорог, и пожелали свою долю в промысле диггеров. Вытесненные со Свалки одиночки стали концентрироваться на Кордоне, где держался нейтралитет с военными, пока их командир не решил заключить сделку с паханами бандитов. В результате одиночки вступили в конфликт и с ними, взяв командира в плен.

Для предотвращения попыток проникновения «О-Сознание» вербует путём зомбирования группировку «Монолит», выступавшую за неприкосновенность Зоны и верящую в божественную сущность Исполнителя желаний — Монолита. Незадолго до сверхвыброса КПК членов группировки разом выключаются, а сами они неожиданно покидают свою базу и направляются за Выжигатель.

Во время сверхвыброса военные на Армейских складах понесли большие потери, а через некоторое время со стороны Выжигателя стали приходить агрессивно настроенные отряды группировки «Монолит», что ещё больше осложнило защиту Барьера. Оставшиеся военные были вынуждены отступить на базу, а защитой Барьера занялись сталкеры. Почти сразу армейской базой заинтересовалась Свобода, захотевшая иметь стратегически важное положение, близкое к центру Зоны, и, несмотря на проблемы, направила туда свои отряды. Таким образом, силы группировки оказались разрозненными.

Во всех трёх частях «Монолит» контролирует наиболее отдалённые и опасные локации (Лиманск, Госпиталь и ЧАЭС в «Чистом небе», Радар, Припять и ЧАЭС в «Тени Чернобыля», Припять в «Зове Припяти»).

Отличаются серо-белыми комбинезонами и бледно-серыми экзоскелетами. Сектанты хорошо вооружены и экипированы. Имеют неплохой боевой профессионализм. Эмблема «Монолита» — человеческий силуэт с вращающимися вокруг электронами. В ТЧ-рисунок Монолита с надписью «Наша сила в единстве»

Враги: Все!

В игре «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое небо» сталкеры контролируют Кордон и НИИ «Агропром» (вместе с «Долгом»), ведут борьбу с бандитами за Свалку. Небольшие группы есть на локациях «Янтарь» (охраняют учёных), «Военные склады» и «Рыжий лес». Представляют собой фактически несколько независимых друг от друга группировок со своими командирами. Отец Валерьян руководит сталкерами на Кордоне, Орест — на «Агропроме», отрядом одиночек, охраняющих бункер учёных, руководит сталкер по прозвищу Левша. Имеют две крупные базы (на Кордоне за железнодорожной насыпью) и в одном из зданий на «Агропроме» со своими торговцами и оружейниками.

В игре «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля» сталкеры-одиночки становятся окончательно независимыми друг от друга. Крупных баз и единого руководства нет. Как и в «Чистом небе», главным врагом одиночек являются бандиты и военные. В войне «Долга» и «Свободы» сталкеры держат нейтралитет, причём как к первым, так и ко вторым большинство из них относится с лёгкой смесью недоверия и пренебрежения, однако многие из них поддерживают либо «долговцев», либо анархистов и охотно вступают в их группировки. Хорошие отношения сталкеры-нейтралы имеют с учёными. К наёмникам сталкеры относятся не сильно лучше, чем к бандитам и стараются держаться от них подальше. Наиболее опытным сталкерам, прорвавшимся в центр Зоны, естественным образом приходится воевать с зомбированными и «Монолитом». Сталкеры в том или ином количестве встречаются практически на всех локациях, но больше всего их на Кордоне и в Баре, причём Кордон считается неофициальной базой вольных бродяг.

В игре «S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти» конфликт между одиночками и бандитами значительно утих. Главными врагами вольных сталкеров становятся скорее мутанты и зомбированные. Неофициальным лидером свободных сталкеров является бармен со Скадовска по кличке Борода.
В «Тени Чернобыля» сталкеры данной «группировки» называются Одиночками, в «Чистом небе» — Сталкерами, в «Зове Припяти» — Вольными сталкерами.

Враги: Бандиты, Монолит, Военные Сталкеры, Наёмники
Друзья: Свобода, Долг, Учёные

Наибольшее влияние бандиты имеют в «Чистом небе». Здесь они почти полностью контролируют Свалку. У них есть своя база в старом депо с барменом, торговцем и оружейником, а также «концлагерь» — свалка старых автомобилей, где попавшие в долговое рабство или плен одиночки вынуждены искать артефакты в аномалиях. В этой части бандиты представляют собой чётко организованную группировку во главе с рецидивистом Йогой.

Однако затем бандиты терпят поражение в войне с нейтралами и оказавшим им поддержку «Долгом». Их лидер Йога погибает (либо убит в бою, либо стал жертвой предательства). В «Тени Чернобыля» новым вожаком уголовников становится бывший бармен Боров, который уводит банду в Тёмную долину, на бывшую базу «Свободы». Там бандитам даже удалось разбить небольшой отряд «долговцев» и взять трёх бойцов в плен (игрок может освободить всех троих). Однако, значительная часть бандитов не признала его власть, разрозненными группами она безуспешно пытается вернуть под свой контроль Свалку, где им оказывают сопротивление форпост «Долга» во главе с Прапором и отряды вольных сталкеров под руководством Серого и Беса.

В «Зове Припяти» есть три основные группировки бандитов: банда Султана («Затон») и банды Валета и Шишака (Окрестности «Юпитера»). Банда первого находится в относительно хороших отношениях с одиночками и практически не ведёт с ними боев, однако нечастые полевые стычки всё же имеют место. Банды Валета и Шишака же находятся в весьма напряжённых отношениях с одиночками, «Долгом» и даже «Свободой». Здесь бандиты практикуют вымогательства, грабежи, захват заложников.

Главным противником «Долга» является «Свобода». Конфликт во многом носит идеологический характер, так как если долговцы стремятся Зону уничтожить, то свободовцы — напротив, рассматривают её как подарок человечеству. Особенно жестокий характер война «Долга» и «Свободы» носит в «Чистом небе», там обе группировки стремятся к полному уничтожению противника. В «Тени Чернобыля» массированных боевых действий уже нет, оба клана проводят точечные диверсионные операции и занимаются больше разграничением сфер влияния. В «Зове Припяти» между «Долгом» и «Свободой» фактически соблюдается нейтралитет, за исключением редких полевых стычек.

Вторым по принципиальности противником «Долга» являются бандиты. Стремясь навести порядок в Зоне, «долговцы» последовательно искореняют в ней преступность. Отряды клана в центре Зоны вынуждены сражаться и с «Монолитом».

Дружеские отношения группировка поддерживает с учёными и вольными сталкерами, а особенно с учёными, так как, по мнению долговцев, именно они должны найти способ эффективной борьбы с Зоной. Интересным является вопрос о взаимоотношении «Долга» с военными. Судя по рассказам некоторых сталкеров, они далеко не идеальны, между армейскими частями и членами клана даже бывают вооружённые стычки, однако, со слов самих долговцев, соблюдается неформальный нейтралитет.

В «Чистом небе» группировка контролирует главным образом южную часть «Агропрома» (там и находится их база во главе с генералом Крыловым), имеет небольшие отряды на Свалке и в Рыжем лесу. Однако из-за большого количества мутантов на «Агропроме» «Долг» в «Тени Чернобыля» «переезжает» на локацию «Бар», в бывший завод «Росток», а также имеет отряды на Свалке, Янтаре, в Тёмной долине и на Армейских складах. Последний состоит из наиболее фанатичных бойцов во главе с долговцем по кличке Череп, отказывается подчиняться руководству на «Ростке», взявшему курс на прекращение крупных боев со «Свободой» и пытается уничтожить главную базу анархистов на заброшенной военной базе. Группировку в «ТЧ» возглавляют генерал Воронин и его помощник полковник Петренко. Экспедиционным корпусом клана в Припяти руководит подполковник Шульга.

Форма группировки — чёрные комбинезоны с красными вставками и экзоскелеты такой же расцветки. Эмблема — мишень на фоне щита с подписью «ДОЛГ». На вооружении у «Долга» состоят преимущественно образцы оружия советского/российского производства, встречаются импортные образцы. По слухам, группировка финансируется спецслужбами РФ и Украины.
Враги: Свобода, Монолит, Бандиты, Наёмники
Друзья: Простые Сталкеры,
Хлипкий Мир: Свобода(у Завода Юпитер)

Идеология и практика «Свободы» делает её сталкеров непримиримыми противниками бойцов «Долга» (см. «Долг»). Враждуют анархисты также с военными (по очевидным причинам) и монолитовцами (с ними враждуют все). Первым свободовцы не дают контролировать «верхние» уровни Зоны, вторым — напротив, пройти условную границу между её «дикими» и относительно мирными локациями. К учёным «Свобода» относится нейтрально так как с одной стороны те сотрудничают с государством, а с другой, согласно свободовской идеологии, изучают Зону и пытаются извлечь из неё пользу. Стоит отметить, что в «Тени Чернобыля» «Свобода» открыто противостоит учёным полевой лаборатории профессора Сахарова. В «Зове Припяти» же свободовцы не прочь даже помогать учёным полевой лаборатории профессоров Германа и Озёрского. С наёмниками и бандитами руководство «Свободы» стремится держать нейтралитет, но на практике это оборачивается частыми столкновениями. С вольными сталкерами клан держит нейтралитет.

В «Чистом небе» группировка контролирует Тёмную долину, имеет форпосты на Свалке, Кордоне и Армейских складах. Руководит группировкой Чехов, торговец — Ашот, оружейник — Яр. После того, как на последней локации свободовцы полностью ликвидируют остатки армейского контингента, анархисты в полном составе перебираются туда. В «Тени Чернобыля» эту группировку можно встретить только там (небольшие группы ветеранов могут пройти на Радар и дальше). Руководит ею Лукаш. Ему помогают Скряга (отвечает за снабжение) и Макс (отвечает за военные операции). В «Зове Припяти» экспедиционный корпус «Свободы» размещается в Окрестностях «Юпитера» в левой части здания бывшей ж/д станции «Янов». Им руководит сталкер по прозвищу Локи.

Форма группировки защитного цвета (видов Flecktarn и Woodland) с серыми вставками и такие же экзоскелеты с жёлтыми вставками. Эмблема — зеленая волчья голова. Оружие — главным образом, натовских моделей.
Враги: Монолит, Долг
Союзники: Наёмники, Бандиты, Учёные, Простые Сталкеры
Шаткий Мир: Долг (в районе завода "Янтарь")